Der Karner, wie die Pantaleonskapelle urkundlich seit 1346 genannt wird, ist Mödlings ältestes erhaltenes Bauwerk. Er wurde vermutlich knapp nach 1182 unter dem Babenberger Herzog Heinrich dem Älteren von Mödling, Sohn von Heinrich II. Jasomirgott und Theodora Komnena von Byzanz errichtet.

Andere Forschungsergebnisse meinen, dass der Karner möglicherweise erst später erbaut wurde, nämlich unter der Babenbergerin Margarete von Österreich (Schwester von Friedrich II. dem Streitbaren) und ihrem Gemahl Ottokar II. Premysl von Böhmen. Es gibt auch immer wieder Spekulationen, dass der Karner ursprünglich als Kapelle der Tempelritter erbaut wurde.